Brak danych statystycznych na temat działań ubocznych Baypenu, wiadomo jednak, że lek może wywołać zaburzenia przewodu pokarmowego, mdłości, wymioty i biegunkę. Dłuższe stosowanie leku może wywołać zmiany w obrazie krwi oraz reakcje alergiczne i ból w miejscu wstrzyknięcia leku.