Leku nie wolno podawać w uczuleniu na heparynę, w chorobie wrzodowej żołądka, w bakteryjnym zapaleniu wsierdzia, w złośliwych nowotworach z tendencją do krwawień, w zmniejszonej krzepliwości krwi. Leku nie wolno podawać również w uszkodzeniach oraz operacjach na centralnym systemie nerwowym, zwłaszcza w zabiegach na oczach i uszach. Pacjenci cierpiący na gruęlicę, cukrzycę, zaburzoną funkcję nerek lub wątroby, a także poważne i złośliwe nadciśnienie krwi powinni powiadomić o tym lekarza przed rozpoczęciem kuracji heparyną.
Oczekiwany skutek leczenia może ulec zmianie, jeśli heparynę stosuje się jednocześnie z innymi lekami. Leki zmniejszające krzepliwość krwi, jak na przykład kwas acetylosalicylowy, oraz pochodne kumaryny nie powinny być stosowane łącznie z preparatem. Leczenie heparyną w dużych dawkach oznacza ryzyko powstawania krwawień, dlatego niezbędne jest regularne kontrolowanie czasu krzepnięcia krwi u leczonych pacjentów.